Немного ошибся, прощу прощения, вот полностью рабочий пример:
location / {
location ~ \.php$ {
fastcgi_pass <fastcgi_server>
}
location ^~ /phpmyadmin {
deny all;
}
}
^~ дает точное совпадение, дальнейший поиск прекращается и в
fastcgi_pass скрипты директории не попадут.